В 1874 г. Генеральный совет евангелическо-лютеранской консистории в Санкт-Петербурге по просьбе ялтинских лютеран обратился в Министерство внутренних дел с заявкой на возведение церкви.
Лютеранская церковь святой Марии построена в 1885 г. на средства прихожан, а также пожертвования германского и российского императоров.
В Советское время церковь была закрыта, но здание сохранилось. В начале 90-х годов прошлого века церковь была отреставрирована на средства Евангелическо-лютеранской церкви Баварии, надолго
ставшей надёжным и верным партнёром Немецкой Евангелическо-лютеранской церкви Украины (НЕЛЦУ), входящей в состав Союза Евангелическо-Лютеранских Церквей в России и других государствах (ЕЛЦ).
После окончания реставрации и наполнения церкви церковным имуществом на средства партнёрской Церкви Баварии, Владимир Эмрих, самовольно провозгласивший себя пастором, используя различные грязные
схемы и обманные действия, введя в заблуждение представителей руководства города, зарегистрировал автономную общину и выгнал общину НЕЛЦУ на улицу. Церковь все прошлые десятилетия боролась за
свое право проводить богослужения в своем храме, но часто на стороне Эмриха был административный ресурс. После очередного решения 2012-2013 гг. здание церкви должно было быть передано НЕЛЦУ, но
ввиду событий 2014 г. процесс приостановился.
27 октября 2021 года Администрация города Ялты Республики Крым передала Евангелическо-Лютеранской Церкви России в бессрочное пользование церковь св. Марии. Для проведения торжественного
богослужения в День Реформации с празднованием возвращения церкви св. Марии прибыли заместитель архиепископа Владимир Проворов и глава Администрации ЕЛЦЕР Виктор Вебер. Однако, несмотря на все
попытки войти в церковь, сделать этого так и не удалось. Здание безо всяких на то оснований уже долгое время используется частным лицом или лицами в коммерческих целях (мини-отели и проч.),
прикрываясь документами автономной религиозной организации и организаций, не имеющих отношения к исторической лютеранской общине Ялты. Возвращение храма верующим, очевидно, совсем не входит в
планы недобросовестных деятелей.
Ранее неоднократно предпринимались безуспешные попытки навести порядок. Но пока ялтинским лютеранам остается молится и надеяться на то, что в ближайшее время правда все же восторжествует и они на
уже имеющихся законных основаниях наконец смогут вернуться в свой родной Божий дом.